孙禄堂打听到郭云深回到了老家深州，于是孙禄堂带上一袋子银洋，这几乎是这些年他的所有积蓄，赶往深州看望郭云深。郭云深见到孙禄堂非常高兴，又看了孙禄堂的武功，更是兴奋不已。郭云深对孙禄堂说：你这般进境，如今海内已无人能及。此时郭云深虽然已经年过古稀，但他是位不能闲着的人，这回有了孙禄堂送来的这些银两，不久郭云深又出门访友去了。由于郭云深造诣深厚，是形意拳那时的顶门人，所以郭云深每到一处，他的那些师兄弟们总要请郭云深对自己的弟子们给予指导。如刘奇兰的徒弟李存义以及徒孙尚云祥等人都得到过郭云深的指导。
不久孙禄堂又赴京城探望老师程庭华。二人朝夕探讨武技，数日后孙禄堂告别。同门张玉奎等问程庭华：禄堂师兄的武功达到什么程度了？程庭华说：已臻神化至境，望尘莫及了。
孙禄堂回到家乡后，有一天来了一位同门，告之老师郭云深去世了，并说老师在去世前嘱托把一包东西交给孙禄堂，孙禄堂打开一看，原来是郭云深集其一生习武心得写成的《解说形意拳经》一书。以示要孙禄堂为郭云深传其衣钵。
1900年，庚子之乱。孙禄堂闻讯后深感不安，再入京城探望程庭华。得知程庭华已经去世，被八国联军的排枪打死。孙禄堂深感悲伤。两位恩师的先后去世，使孙禄堂心情沉重，于是隐居故里，潜心研究拳学。不久孙禄堂的师叔、形意拳名家耿成性在北京成立四民武术社传播武术，请孙禄堂前来助场。于是孙禄堂再赴京城。在京城孙禄堂认识了精通太极拳的张秀林和杨春圃（即著名武生杨小楼），感到他们的太极拳在柔化技术上有独到之处，和自己以前学过的拳术都不一样，但他们这种柔化技术在应用上有局限性，不能全面适用于实战技击。孙禄堂与他们两位相互研究了三四个月，欲探究其拳的根本原理，以便提纯、改良其技，以全面适用于实战。从这时起，孙禄堂开始用心研究太极拳。
孙禄堂在京时，因武功高绝，被肃王请到王府，向孙禄堂学拳年余，后因母亲生病，托信叫孙禄堂回乡。于是孙禄堂辞别了肃王返回家乡。在与肃王相处的日子里，孙禄堂除了教授肃王武艺外，从无一事请托。因此孙禄堂的武功、气质和品行令肃王极为钦佩。肃王常对人赞叹孙禄堂，肃王说：这个人（指孙禄堂）是圣人的气质，士大夫亦不能及。
孙禄堂返回家乡时，同门师弟李文彪执意要跟在孙禄堂的身边。李文彪是程庭华的弟子，功夫很好，他非常崇拜师兄孙禄堂。这样李文彪就跟着孙禄堂一同回乡，和孙禄堂一起继办蒲阳拳社，各地的武术名家也常来拜访、请益，如程庭华的长子程海亭、八卦拳名家韩慕侠，形意拳名家马玉堂、郝恩光等，他们每次来都要住上多时，少则数日，多则数月，共同探究拳学至理。这期间，肃王也多次来函请孙禄堂返回北京，但孙禄堂不喜欢京城王府里的浮华生活，于是都婉言回绝了。在这期间，孙禄堂不断淬炼提升形意拳、八卦拳的技艺，并着意研究太极拳，从理论到技术结构再到技击实践，反复研磨，研究使形意拳、八卦拳和太极拳如何相互融合，成为融会百家的技术基础。
庚子之乱对孙禄堂影响很大，孙禄堂一方面深入研究技击效能的提升、建立自己的武学体系，另一方面深感拳术技击是无法抗衡枪、炮的威力。那么拳术技击的终极功用在哪里？孙禄堂提出：习此艺者，非欲以艺胜人也。志士仁人养其浩然之气，志之所期，力足赴之，如是而已。于是，蒲阳拳社在教学宗旨上逐渐转向修身，教学内容文武并修，以开启良知良能，改善身心，完备人格为诣归。孙禄堂通过自身实践感到修身与技击不仅可以融合，而且是相辅相成的。并开始沿着这条思路，来创建自己的武学体系。
