《黄帝内经》分为《素问》和《灵枢》两部分。《素问》重点论述了脏腑、经络、病因、病机、病证、诊法、治疗原则以及针灸等内容。《灵枢》是《素问》不可分割的姊妹篇，内容与之大体相同。除了论述脏腑功能、病因、病机之外，还重点阐述了经络腧穴，针具、刺法及治疗原则等。
《黄帝内经》基本精神及主要内容包括：整体观念、阴阳五行、藏象经络、病因病机、诊法治则、预防养生和运气学说等等。整体观念强调人体本身与自然界是一个整体，同时人体结构和各个部分都是彼此联系的。阴阳五行是用来说明事物之间对立统一关系的理论。藏象经络是以研究人体五脏六腑、十二经脉、奇经八脉等生理功能、病理变化及相互关系为主要内容的。病因病机阐述了各种致病因素作用于人体后是否发病以及疾病发生和变化的内在机理。诊法治则是中医认识和治疗疾病的基本原则。预防养生系统地阐述了中医的养生学说，是养生防病经验的重要总结。运气学说研究自然界气候对人体生理、病理的影响，并以此为依据，指导人们趋利避害。
素问
《素问》自战国时代成书到齐梁间全元起作《素问训解》时，一直保持九卷的旧制。只是到全元起注《素问》时，《素问》的第七卷已经亡佚了。唐朝的王冰认为是惧非其人而时有所隐，故第七一卷师氏藏之的缘故。王冰自谓得先师张公秘本，因而撰注，用传不朽，兼旧藏之卷，合八十一篇二十四卷。由于王冰补入了《天元纪大论》、《五运行大论》、《六微旨大论》、《气交变大论》、《五常政大论》、《六元正纪大论》和《至真要大论》等七篇大论，并将《素问》全文广为次注，所以才从原来的九卷大大地扩展为二十四卷了。从而成了至今行世的《黄帝内经素问》。当然世上还存在有元代胡氏古林书堂十二卷刊本和明代正统年间所刊五十卷《道藏》本，但其内容、篇目次第并无变动，一仍王冰之旧。
灵枢
《灵枢》最早称《针经》。《灵枢》第一篇《九针十二原》就有先立《针经》之语，无疑等于自我介绍。后来又称为《九卷》（见张仲景《伤寒论》序），晋皇甫谧复又称之为《针经》。再后又有《九虚》（见《高丽史书》、《宋志》及林亿引文等）、《九灵》（见《隋志》、《唐志》、《宋志》等）、《黄帝针经》（见《七录》、《隋志》、《唐志》及新罗国、高丽国史书等）等名。《灵枢》一名，始见于王冰《素问》序及王冰的《素问》注语中。王冰在注《素问》时，曾两次引用经脉为里，支而横者为络，络之别者为孙络这句话，在《三部九候论》中引用时称《灵枢》曰，在《调经论》中引用时又称《针经》曰，是知《灵枢》即《针经》也。而其他《素问》注中所引《针经》者，皆为《灵枢》之文，则更证明了这一点。
至于《灵枢》，虽有《九卷》、《九虚》、《九灵》和《针经》等几个传本系统，但隋唐以后却都亡佚了。宋臣林亿、高保衡等校正医书时亦因其残缺过甚而欲校不能。南宋史崧氏所献的《灵枢经》虽与王冰所引之《灵枢》及王唯一所引之《灵枢》在内容上均有所不同，但毕竟是现今行世的唯一版本。史崧之所以将《灵枢》改成二十四卷，也只是为了与王冰所注之《素问》卷数相同而别无深意。因为原本这两部书都是九卷，则都成二十四卷。元代胡氏古林书堂刊本将《灵枢》并为十二卷亦是与其所刊《素问》十二卷本相匹配。至于明刊《道藏》本之《灵枢》只二十三卷而不是五十卷，则是因为《灵枢》较《素问》文字量少之故。
《黄帝内经》是一部综合论述中医理论的经典著作。它的集结成书是以古代的解剖知识为基础，古代的哲学思想为指导，通过对生命现象的长期观察，以及医疗实践的反复验证，由感性到理性，由片断到综合，逐渐发展而成的。因此，这一理论体系在古代朴素唯物辩证法思想的指导下，提出了许多重要的理论原则和学术观点，为中医学的发展奠定了坚实的基础。
《黄帝内经》起源于黄帝，具体成书作者已不可考。总而言之，《黄帝内经》非自一人一手，其笔之于书，应在战国，其个别篇章成于两汉。
《淮南子·修务训》言：世俗之人多尊古而贱今，故为道者必托之于神农黄帝而后能入说。因此，《黄帝内经》之所以冠以黄帝之名，意在溯源崇本，藉以说明书中所言非虚。
如前所述，《黄帝内经》既非一时之作，亦非自一人之手，而是战国以前的许许多多的上古医学著作的总结。这不仅可以从《素问》、《灵枢》各八十一篇这一点得到证明，而且也可以从《黄帝内经》引用了大量的古文献及《素问》、《灵枢》互引、各篇互引等现象上得到证明。
《黄帝内经》所引的古文献大约有50 余种，其中既有书名而内容又基本保留者有《逆顺五体》、《禁服》、《脉度》、《本藏》、《外揣》、《五色》、《玉机》、《九针之论》、《热论》、《诊经》、《终始》、《经脉》、《天元纪》、《气交变》、《天元正纪》、《针经》等16 种；仅保存零星佚文者，有《刺法》、《本病》、《明堂》、《上经》、《下经》、《大要》、《脉法》、《脉要》等8 种；仅有书名者，有《揆度》、《奇恒》、《奇恒之势》、《比类》、《金匮》、《从容》、《五中》、《五过》、《四德》、《上下经》、《六十首》、《脉变》、《经脉上下篇》、《上下篇》、《针论》、《阴阳》、《阴阳传》、《阴阳之论》、《阴阳十二官相使》、《太始天元册》、《天元册》等29 种。至于用经言、经论、论言或故曰、所谓等方式引用古文献而无法知其书名者亦复不少。
正是由于上述情况，才说《黄帝内经》的成书是对中国上古医学的第一次总结，《黄帝内经》是仅存的战国以前医学的集大成之作。
补充说明：医之始，自远古。文献考，至岐黄。岐黄即指的《黄帝内经》。其实此书是假借古圣贤黄帝以示尊重，清*陈修园《医学三字经》曰：《汉书·艺文志》载《黄帝内经十八篇》是也。医门此书，即业儒之五经也后世以为古圣格言，孰敢非之。就是这样编著者想让后人真以为是黄帝之作而加以尊重。黄帝，一是喻皇帝，二是喻中华或传统中医学代词；内，是大内的简称，在汉朝大内指皇帝宫殿或宫内库房；经即经典。《黄帝内经》既托古圣贤黄帝，若再留下编著事迹，不是此地无银三百两，欲令后世尊重的一片苦心岂不白费？因此留下了一个千古之谜。汉文帝时，习医者淳于意因不与难缠的王公贵族治病，招恶意诽谤，被状告至文帝，皇帝亲手审理此案，留下了医界佳话。这事可能是对《内经》用皇帝与大臣对话论医式文稿模式的启发，而现代许多学者从考古及出土医学文物分折，内经文稿也应该产生于此之后。在西汉时期，思想政治活跃，世事多变，皇室宫廷内部事态也多变故，况且医学书籍还是被当作******来传承的，这一点在司马迁史记里是有论述的，因此也不可能留传关于编著内经的故事。要推动一个领域的新进程，必须要有不同于以往的新思想。《黄帝内经》是私家编著的，在《汉书·艺文志》收录时只载有一十八篇，后世仿照其问答式行文风格，不断地进行补入、扩充，《素问*灵枢》书名也是后世取的。《黄帝内经十八篇》论文的议题是对疾病的预防，中心是人与自然的谐调，动机是前人从药物、经络入手研究对疾病的治疗技术已经高度发展，然而在世人的复杂疾病面前，治疗医学依然很尴尬，而千古流传的傩术面对复杂多变的疾病，更是显得苍白无力。在淳于意回答皇帝的提问中，涉及医案二十六个问题，已经很明确地论及到生活方式、劳作、情绪等等对疾病的发生、发展有着直接影响，从社会干预来讨论疾病，教育、指导人们预防疾病，已经是重要课题了。《黄帝内经》古本在流传过程中也不断地被整编，如唐代，学者王冰对留存的已经损坏、散乱、遗失缺如以及医学术语中涉及《道》学等等文稿，重行整理编著并补充了内容，这样使文稿显得更系统化、完善化，据说是现流传的《素问》一部八十一篇版本。现存《黄帝内经》是中医学论文汇编，对话式论文风格（对答式的文体显得更客观也有诱惑力，作者的设问和受访者的回答竟然如书面用语一般精准而几无瑕疵，这不禁让人感叹后期的润色。所谓后期的润色喻对话是假的）。学者在汇编之后，标志着中医学说已经在解剖、生理、病理、药理、方剂、到临床各科、病证、发病因素、诊断、保健治疗术（虽用药但不止于药、虽论医但不只于治病的整体医学模式）及中医学术思想等等方面的成熟，编者为了让这些学说的普及应用并且永传后世，对当时所撑握的中医文献，站在整体、系统化的高度，进行了汇编整理而成册。由于当时的人力、物力、资料、资源以及社会风潮等等的影响及局限，编者无法做到尽善尽美，但能做到这种成效，就是在当今也是难能可贵的了。论文文体，每篇文稿，皆以围绕中心思想展开，对论点、论证、论据、结论等的布局，内容的多少，篇幅的长短，是完全取决于作者对文章的需要而定的，而编者只是要借用那么多篇文稿来达到整体介绍与传承医学的目的。编著是一件庞大的工程，内经必竟非出自一人之手，因此内经的每篇文稿中，作者的思想境界、见识、对参考文献的引用取舍有多少、详略的差异，在一些文章之间出现内容类似甚至重复都是不足见怪的（这就好比现代医学论文，有许多类似或雷同篇章）。强调这一点，便于读者对《内经》文章特点有个清醒的认识，首先从论文文体特性上去把握每篇、每章、每节，然后从整体上去认识全文、全书，这样便于学习、注译、传承及撰写医学论文。医之道乃学说体系，自******以来，皆以为是一门技术，习者多只取其中而用之，如此取舍，故流传散失甚多，损失巨大，此最大遗憾！万望习者自此珍惜之。
